Capoluogo della Provincia dal 1927. Situata ai piedi del Sacro Monte e del Campo dei Fiori, fu centro d'incontro e di scambi commerciali tra le genti d'oltralpe e quelle della pianura padana. Luogo di villeggiatura, rinomato per gli splendidi panorami, vide sorgere sui suoi colli numerosissime ville con grandi parchi e giardini, che ne fecero 'la città giardino'.
Posta lungo l'antica via che congiungeva Milano con Angera, fu importante borgo già in epoca romana. Lo spirito industriale dei suoi cittadini spazia dall'industria tessile cotoniera alla meccanica
Varese è adagiata su sette colli: il Colle di Biumo Superiore ( 439 m), il Colle di Giubiano (407 m), il Colle di San Pedrino (402 m), il Colle di S. Albino (406 m), il Colle di Montalbano (411 m), il Colle Campigli ( 453 m) e il Colle dei Miogni (492 m). È attraversata, a nord-ovest, dal fiume Olona, che nasce alla Rasa di Velate in località Fornaci della Riana, al Sacro Monte di Varese.
Ai suoi piedi, il Lago di Varese (328 m) con il suo isolotto, l'Isolino Virginia.
Attorno al 1200, si accedeva al borgo, cresciuto nell'ansa del torrente Vellone e protetto da mura, attraverso sei porte: la porta Rezzano (in fondo a Corso Marcobi, collegava con Santa Maria del Monte), la porta Regondello (nei pressi della Cavedra), la porta di San Martino (vicino alla chiesa), la porta Milano (in contrada Pozzovaghetto), la porta della Motta e la porta Campagna.
Varese, che dipendeva dall'arcivescovo di Milano, fu teatro delle dispute tra Milano e Como, tra Milano e il Barbarossa, tra i Torriani e i Visconti, subì le invasioni degli svizzeri del cardinale di Sion, l'alternarsi di francesi e spagnoli al governo di Milano, le epidemie di peste (la prima del 1450 evitata con la chiusura delle porte del borgo), un terremoto (1601), ma continuava a prosperare e il mercato della Motta (che già allora si teneva il Lunedì) era uno dei più importanti della regione.
Attorno alla fine del '500, divenne ambita meta di villeggiatura (e di pellegrinaggi a Santa Maria del Monte) dapprima dei governatori spagnoli, poi via via di altre eminenti personalità come il conte di Savoia e Margherita d'Austria. Le vecchie fortificazioni (le castellanze) cominciarono la loro trasformazione in residenze estive, attorniate da splendidi giardini.
Nel 1755 giunse in visita a Varese Francesco III d'Este, governatore della Lombardia, che fu ospite dei Menafoglio a Biumo Superiore. Tanto gli piacque il soggiorno che chiese a Maria Teresa d'Austria di concederglieli Varese in feudo. Nonostante le proteste dei varesini che si appellarono al loro diritto di Comune Libero ottenuto nel 1538 da Carlo V, Varese passò in feudo a Francesco III con l'unica garanzia che il privilegio non sarebbe stato ereditario. La dimora di Francesco III d'Este, Palazzo Estense è oggi sede del Municipio.
Sorsero in quel periodo ville settecentesche in città e sulle alture vicine, tutte attorniate da splendidi giardini : Villa Menafoglio, Villa Recalcati, Villa Della Porta Bozzolo a Casalzuigno, Villa Cicogna a Bisuschio, Villa Cagnola a Gazzada.
Il 9 agosto 1865 giunse a Varese il primo treno che la collegava a Milano. Le industrie si svilupparono; si crearono i primi collegamenti tranviari e ferroviari con Tradate, Saronno, Porto Ceresio, il Lago Maggiore; si incentivò il turismo con le funicolari per il Sacro Monte (1909) e il Campo dei Fiori (1911); si realizzarono il Grande Albergo del Campo dei Fiori, il Palace Hotel sul Colle Campigli, l'ippodromo.
Nonostante il crescente benessere economico della popolazione, Varese si sviluppò in modo ordinato, rispettando il verde e il suo ruolo di "città giardino". Vennero costruite grandi ville con parco, ma anche le abitazioni famigliari erano attorniate da giardini.
Nel 1926 Varese divenne capoluogo di provincia, sottraendo buona parte del suo territorio alla provincia di Como e Gallarate, Busto Arsizio, Saronno e località limitrofe alla provincia di Milano.
